Ξεκινώντας από το Μέριχα και παίρνοντας τον ασφαλτόδρομο που οδηγεί βόρεια στην ενδοχώρα του νησιού, ο επισκέπτης θα συναντήσει την πρωτεύουσα της Κύθνου, τη Χώρα ή Μεσσαριά. Απέχει από το Μέριχα 8 χλμ. και κατοικείται από 806 κατοίκους σύμφωνα με την απογραφή του 2011.
Για την εξυπηρέτηση των τουριστών υπάρχει συγκοινωνιακή σύνδεση με τακτικά λεωφορεία αλλά και ταξί που έχουν ως αφετηρία το λιμάνι του Μέριχα και προορισμό τη Χώρα Κύθνου.
Χτίστηκε τον 17ο αιώνα στην άκρη ενός οροπεδίου. Είναι αναμφισβήτητα ο ομορφότερος οικισμός του νησιού. Έχει έντονα γραφικό κυκλαδίτικο χαρακτήρα που γοητεύει και συνεπαίρνει. Ο επισκέπτης της Μεσσαριάς θα περπατήσει στα γραφικά καλντερίμια , θα θαυμάσει τις αναρίθμητες εκκλησίες, θα συναντήσει τα ασβεστωμένα πέτρινα σπιτάκια με τις κεραμοσκεπές και τα παράθυρα με τα κυκλαδίτικα χρώματα, θα γοητευτεί από τα παλιά αρχοντικά με τα ανώγια και τα κατώγια τους, θα παρασυρθεί μέσα στα σκιερά στεάδια (στοές) του οικισμού, θα μαγευτεί από τους μοσχομυριστούς ανθόκηπους, θα ξαφνιαστεί ευχάριστα από τα αρχαία ερείπια που βρίσκονται παντού, θα ανταμώσει τους φιλόξενους απλούς νησιώτες, θα αγναντέψει το απέραντο γαλάζιο.
Στο Πανωχώρι της Χώρας βρίσκονται τα αξιόλογα παραδοσιακά σπίτια του Γρυμανέλη και του και του Καζούρη.
Παραδοσιακοί ανεμόμυλοι σφραγίζουν τη γραφική εικόνα της περιοχής.
Τα τελευταία χρόνια συναντώνται πάνω σε τοίχους του οικισμού μεγάλα ζωγραφικά θέματα που απεικονίζουν γραφικά τοπία του νησιού δίνοντας μια ξεχωριστή καλλιτεχνική ατμόσφαιρα.
Στο κεντρικό καλντερίμι και σε μία απόσταση 200 μ. επικεντρώνεται όλη η εμπορική κίνηση της Χώρας. Εδώ υπάρχουν χαριτωμένα καταστήματα λαϊκής τέχνης και εμπορικά, καλόγουστα εστιατόρια και μπαρ, γραφικές ταβέρνες, καφενεδάκια. Στην ομώνυμη πλατεία της Μεσσαριάς ο περιηγητής θα ξεκουραστεί και θα απολαύσει τον καφέ του και το ουζάκι του.
Η Χώρα διαθέτει καλαίσθητα ενοικιαζόμενα δωμάτια και μια φροντισμένη μονάδα στην είσοδό της. Στην είσοδο του οικισμού επίσης υπάρχει ένα μεγάλο παρκινγκ. Ο επισκέπτης πρέπει να γνωρίζει ότι εδώ στην πρωτεύουσα του νησιού θα βρεί αστυνομικό τμήμα, βενζινάδικο, φαρμακείο και ότι επίσης υπάρχει και ελικοδρόμιο.
Πέρα από τις ομορφιές της η Χώρα συνοδεύεται από την ιστορία και τους θρύλους της. Ένας θρύλος λέει πως η χώρα κτίστηκε με παρέμβαση θεϊκή. Άγγελος Κυρίου παρουσιάστηκε σε κάποιον πιστό και του είπε να καβαλικέψει το μουλάρι του και να τρέξει. Εκεί που θα γονατίσει το ζώο να χτίσει ναό στο όνομα της Αγίας Τριάδος. Γύρω από την εκκλησία να χτιστούν νέα σπίτια και να έρθουν να ζήσουν οι ντόπιοι. Έτσι και έγινε…
Αρχικά η Μεσσαριά ήταν ένας μικρός αγροτικός οικισμός. Το 1537 ο πειρατής Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα επιτέθηκε στο νησί και το λεηλάτησε. Το γεγονός αυτό ανάγκασε τους Φράγκους άρχοντες του νησιού να εγκαταλείψουν την πρωτεύουσά τους που ήταν στο Κάστρο της Ωριάς. Αναζητώντας περισσότερη ασφάλεια, εγκαταστάθηκαν στην ενδοχώρα και συγκεκριμένα στον μικρό οικισμό της Μεσσαριάς. Σιγά σιγά συγκεντρώθηκαν στην περιοχή αυτή αρκετοί κάτοικοι του νησιού και έτσι μπήκαν τα θεμέλια για την ανοικοδόμηση της νέας πρωτεύουσας.
Αξίζει να γίνει αναφορά στις εκκλησίες και τις μονές της Χώρας Κύθνου.
Η παλαιότερη εκκλησία της Χώρας η Αγία Τριάδα, ο ναός του Αγίου Σάββα, ο ναός της μεταμόρφωσης του Σωτήρος, ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, ο Άγιος Νικόλαος, ο Προφήτης Ηλίας, το μοναστήρι της Παναγίας της Νίκους και η μονή του Προδρόμου.
Στην ευρύτερη περιοχή υπάρχουν εγκαταστάσεις αξιοποίησης ηλιακής και αιολικής ενέργειας για την παραγωγή ηλεκτρικής από την οποία τροφοδοτείται ολόκληρο το νησί.