Η Κύθνος όπως και κάθε νησί των Κυκλάδων έχει ιστορία στενά συνδεδεμένη με τους ναούς της. Η θρησκευτική πίστη φαίνεται από τα περίπου 130 ξωκλήσια της που είναι διάσπαρτα σε όλο το νησί. Παρακάτω παρουσιάζονται αλφαβητικά οι πιο γνωστές εκκλησίες, ξωκλήσια και μοναστήρια που υπάρχουν στην Κύθνο.
Αγία Καλλιόπη - Κανάλα: Η εκκλησία είναι τοποθετημένη στην άκρη του ακρωτηρίου που βρίσκεται το Μοναστήρι της Παναγιάς Κανάλας. Δίπλα στη θάλασσα με θέα τη Σέριφο. Τα χρώματα που διακοσμούν το εκκλησάκι είναι έντονα και ιδιαίτερα.
Αγία Τριάδα - Χώρα Κύθνου: Η Μητρόπολη της Χώρας. Βυζαντινή εκκλησία με τρούλο (μονόκλιτη βασιλική) μεγάλης ιστορικής αξίας καθώς είναι ο αρχαιότερος ναός της Κύθνου . Η Αγία Τριάδα βρίσκεται εντός του οικισμού της Χώρας όπου στον περίβολο διασώζονται αρχαίες επιγραφές και γλυπτά. Η τιμητική της είναι την ημέρα της Πεντηκοστής στις 27 Μαΐου.
Άγιοι Ακίνδυνοι - Μέριχας: (Ακίνδυνος, Ανεµπόδιστος, Αφθόνιος, Ελπιδοφόρος και Πηγάσιος) είναι οι 5 μάρτυρες που θεωρούνται προστάτες λιμανιών και καραβιών. Ο Μέριχας τιμάει μεγαλοπρεπώς τη μνήμη τους στις 2 Νοεμβρίου. Ένα μεγάλο πανηγύρι στήνεται στο λιμάνι την ημέρα αυτή.
Άγιος Γεώργιος - Κατακέφαλο: Από τους παλαιότερους ναούς της Κύθνου. Υπήρξε κάποτε καθολικό Μονής. Ο Άγιος Γεώργιος βρίσκεται εντός του ενετικού κάστρου, στην περιοχή Κέφαλος, στο βόρειο τμήμα του νησιού. Η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου είναι η μοναδική που διασώζει παλαιές τοιχογραφίες. Αν και δεν είναι στην καλύτερη κατάσταση παρ' όλα αυτά είναι αξιοθαύμαστες.
Άγιος Ιωάννης Θεολόγος - Χώρα Κύθνου: Ο ναός ξεχωρίζει καθώς διαθέτει ηλιακό ρολόι και ξυλόγλυπτο τέμπλο. Μέσα στην εκκλησία θα θαυμάσουμε αξιόλογες αγιογραφίες και μεταβυζαντινές φορητές εικόνες.
Άγιος Μηνάς - Δρυοπίδα: Ναός με ίσως το καλύτερο ξυλόγλυπτο τέμπλο από όλες τις εκκλησίες της Κύθνου. Ένα σπουδαίο έργο τέχνης που σε συνδυασμό του περίτεχνου επιταφίου καθώς επίσης και του δεσποτικού θρόνου προκαλούν τον θαυμασμό του επισκέπτη.
Άγιος Νικόλαος - Περιοχή Σκύλου: Γραφικό εκκλησάκι στο νότιο άκρο της παραλίας του Σκύλου.
Άγιος Νικόλαος - Χώρα Κύθνου: Εκκλησάκι με σημαντικές αγιογραφίες στον οικισμό της Μεσσαριάς.
Άγιος Σάββας - Χώρα: Η εκκλησία βρίσκεται εντός του οικισμού. Μία κοκκινωπή επιγραφή στα ψηλά, ακριβώς στην είσοδο του ναού αναφέρει το έτος 1613 που κτίστηκε. Μαζί με την επιγραφή και το παλαιό οικόσημο του Ενετού μονάρχη Α. Γαζανίδου.
Άγιος Στέφανος - Περιοχή Άγιου Στέφανου: Από τις πιο γραφικές εκκλησίες της Κύθνου. Τοποθετημένη στο νότιο άκρο της παραλίας του οικισμού δίνει την πιο όμορφη πινελιά στο τοπίο. Δίπλα στο εκκλησάκι ένα πηγάδι αλλά και κήπος που τον περιποιούνται οι ντόπιοι καθ' όλη τη διάρκεια του χρόνου.
Άγιος Σώστης - Περιοχή Άγιου Σώστη: Γραφικό ξωκλήσι τοποθετημένο στο ανατολικό άκρο του κόλπου του Άγιου Σώστη. Η πρόσβαση προς το εκκλησάκι γίνεται μέσα από μονοπάτι που ξεκινάει από την όμορφη παραλία της περιοχής και διαρκεί περίπου 7 λεπτά.
Μεταμόρφωση του Σωτήρος - Χώρα Κύθνου: Ένας ακόμη σημαντικός ναός στη Μεσσαριά που καλείται από τους ντόπιους ως Σωτήρα. Διαθέτει ένα μοναδικό τέμπλο που χρονολογείται τον 17ο αιώνα. Ο ναός ανακαινίστηκε το 1636.
Παναγία η Κανάλα - Κανάλα: Πρόκειται για την σπουδαιότερη εκκλησία της Κύθνου χτισμένη το 1869. Βρίσκεται στο ομώνυμο οικισμό Παναγιά Κανάλα και συγκαταλέγεται στους πιο δημοφιλείς χώρους προσκυνήματος σε όλο το νομό Κυκλάδων. Χιλιάδες επισκέπτες έρχονται να δουν από κοντά τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας στον μεγάλο ναό. Σύμφωνα με την παράδοση βρέθηκε στο κανάλι μεταξύ Κύθνου και Σερίφου όπου και έδωσε το όνομα στην εκκλησία και κατ' επέκταση στον οικισμό. Η θαυματουργή εικόνα αγιογραφήθηκε το 1575 από τον Εμμανουήλ Σκορδίλη και ανήκει στα έργα της Κρητικής Σχολής. Κάθε χρόνο στις 15 Αυγούστου γίνεται περιφορά της εικόνας και ακολουθεί η αναπαράσταση της εύρεσης της εικόνας από τους ψαράδες. Η ημέρα συνεχίζεται με ένα από τα μεγαλύτερα πανηγύρια που γίνονται στην Κύθνο.
Παναγία η Στρατηλάτισσα - Νότια της Δρυοπίδας: Η εκκλησία της Παναγίας βρίσκεται σε ήσυχο σημείο εκτός οικισμών περίπου 3,5 χιλιόμετρα από τη Δρυοπίδα με κατεύθυνση προς Κανάλα. Εσωτερικά θα θαυμάσετε ένα σύνολο από έξοχες εικονές πάνω στο τέμπλο του ναού.
Παναγία η Φλαμπουριανή - Φλαμπούρια: Το στολίδι του οικισμού. Πάνω στον μεγάλο βράχο που χωρίζει την παραλία Φλαμπουρίων σε 2 βρίσκεται η εκκλησία της Παναγιάς Φλαμπουριανής. Ευδιάκριτα είναι τα ίχνη από την παραλία μέχρι το εκκλησάκι που κατά τη λαϊκή παράδοση είναι τα ίχνη της Παναγίας. Θεωρείται από τα σημαντικά αξιοθέατα του θρησκευτικού τουρισμού.
Παναγία του Νίκους - Χώρα Κύθνου: Από τις πιο όμορφες εκκλησίες του νησιού. Βρίσκεται στην άκρη του οικισμού της Χώρας Κύθνου και χρονολογικά ανήκει στις μεταβυζαντινές εκκλησίες.
Προφήτης Ηλίας - Χώρα Κύθνου: Στην κορυφή του λόφου Προφήτη Ηλία βρίσκεται η ομώνυμη εκκλησία. Γύρω από το εκκλησάκι υπάρχουν τείχη και κελιά.
Σταυρός - Λουτρά: Όμορφο εκκλησάκι στο δρόμο προς Αγία Ειρήνη. Η θέα ιδιαίτερη λόγω της κλειστής ακτογραμμής που σχηματίζει ο κόλπος των Λουτρών. Η εκκλησία γιορτάζει την ημέρα της Ύψωσης του Τίμιου Σταυρού στις 14 Σεπτεμβρίου.
Σωτήρας - Χώρα: Αφιερωμένη εκκλησία στον Χριστό με ένα θαυμάσιο ξυλόγλυπτο τέμπλο του 17ου αιώνα. Δεσπόζει η εικόνα του Χριστού, έργο του γνωστού αγιογράφου Σκορδίλη.
Όλα τα μοναστήρια της Κύθνου ήταν σε λειτουργία μέχρι το 1833 όπου απαγορεύτηκαν βάση νόμου της τότε βαυαρικής κυβέρνησης.
Μοναστήρι του Αι-Γιώργη στον Κατακέφαλο: Ένα ακόμη ανενεργό μοναστήρι στο δρόμο προς το αρχαίο κάστρο της Ωριάς. Η συνήθεια να χτίζονται τα μοναστήρια πάνω σε αρχαιοελληνικούς τόπους λατρείας παρουσιάζεται και εδώ. Χρειάζεται κανείς 20 λεπτά με τα πόδια ακολουθώντας το μονοπάτι προς τη Μονή και τον παλιό ναό του Αη Γιώργη.
Μοναστήρι της Παναγιάς του Νίκους: Βρίσκεται στη Χώρα της Κύθνου και φτάνεις σε αυτό περπατώντας. Είναι από την αντίθετη μεριά του πάρκινγκ και έτσι θα χρειαστεί να περπατήσεις (λιγότερο από χιλιόμετρο) για να το επισκεφτείς. Καμιά φορά χάνεσαι μέσα στα σοκάκια της Χώρας μέχρι να το βρεις. Η γρηγορότερη οδός πάντως παραμένει να ρωτάς τους ντόπιους.
Πρόκειται για ένα ιστορικό μοναστήρι Έχει θαυμάσια αρχιτεκτονική και διαθέτει έναν αξιόλογο επιτάφιο. Χρωστάει την ονομασία της στην βυζαντινή Παναγία Νικοποιό και είναι χτισμένο πάνω σε ερείπια αρχαίου ναού, όπως και άλλες εκκλησίες του νησιού. Ένας θρύλος λέει ότι εδώ μεταφέρθηκε από την Κωνσταντινούπολη, στα χρόνια της ΄Αλωσης, η περίφημη εικόνα της Παναγίας Νικοποιού και από εδώ την πήραν οι Ενετοί κατακτητές και την πήγαν στον ναό του Αγίου Μάρκου στη Βενετία, όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα. Τα τελευταία χρόνια της τουρκοκρατίας, δηλαδή το 1809 έως και το 1840 γνώρισε μεγάλη άνθηση. Λειτούργησε ως πνευματικό κέντρο χάρη στην παρουσία του Ελληνοδιδάσκαλου Μακαρίου Φιλιππαίου που υπήρξε απόφοιτος της Μεγάλης του Γένους Σχολής. Διατηρώντας τη διπλή ιδιότητα του ιερωμένου και του διδασκάλου δίδαξε χρόνια τους νέους στο νησί. Τα παιδιά που έρχονταν από μακρινά μέρη φιλοξενούνταν στο μοναστήρι και επέστρεφαν στα σπίτια τους τις Κυριακές. Τα καλά αποτελέσματα αυτής της προσπάθειας δεν άργησαν να φανούν. Οι απόφοιτοι της σχολής του Μακαρίου που συνέχισαν τις σπουδές τους, σπούδασαν στο νεοϊδρυθέν Πανεπιστήμιο Αθηνών και εξελίχτηκαν σε σημαντικούς επιστήμονες. Το Δεκαπενταύγουστο στο μοναστήρι γίνεται μεγάλο πανηγύρι.
Μοναστήρι του Πρόδρομου στο Χορδάκι: Μοναστήρι γυναικών που σταμάτησε να λειτουργεί όπως και τα υπόλοιπα το 1833. Θεωρούταν το πιο ενεργό σε λειτουργία καθώς κατείχε τον μεγαλύτερο πληθυσμό μοναχών από όλα τα μοναστήρια της Κύθνου. Το σωζόμενο καθολικό του ναού του Προδρόμου διαθέτει ένα ξυλόγλυπτο τέμπλο του 16ου αιώνα ανυπολόγιστης αξίας και σημαντικές αγιογραφίες.
Μοναστήρι του Ταξιάρχη στο Βελίδι: