Κατά την αρχαιότητα η Κύθνος ονομαζόταν και Δρυοπίς ή Οφιούσα. Στην συνέχεια, στην περίοδο του Μεσαίωνα, το νησί φέρει το όνομα Θερμιά, λόγω των θερμών πηγών που είχαν εντοπιστεί στην περιοχή Λουτρά. Σχετική αναφορά κάνει ο Νείλος Δοξαπατρής το 1143 μ.Χ. Αργότερα αναφέρεται και με την ονομασία Θήραμνα όπως ονομαζόταν και ο Δανιήλ ο Θηράμνιος που καταγόταν από εδώ (1661 μ.Χ.) Οι Τούρκοι την αποκάλεσαν Χαμάμ Αντασί , δηλαδή νησί Λουτρά και οι Ιταλοί πολύ αργότερα την ονομάζουν Φέρμινα.
Η Κύθνος οφείλει το όνομά της στον Κύθνο, αρχηγό των Δρυόπων. Οι Δρύοπες κατάγονταν από την Εύβοια και έφτασαν εδώ τον 12ο με 11ο αιώνα π.Χ. κατά τα μηδικά χρόνια. Απ’ ότι φαίνεται όμως ο Κύθνος με τους Δρύοπες δεν ήρθαν σ’ ένα ακατοίκητο νησί για να αποικήσουν. Στην περιοχή Μαρουλάς, που βρίσκεται κοντά στον οικισμό Λουτρά, στις βορειοανατολικές ακτές του νησιού, βρέθηκαν σε ανασκαφές, τέσσερις τάφοι που αποτελούν τα αρχαιότερα δείγματα ανθρώπινης παρουσίας στην περιοχή των Κυκλάδων και συγκεκριμένα χρονολογούνται κατά την Μεσολιθική Εποχή, ανάμεσα στο 9.500 και 8.500 π.Χ. Πιθανότατα αυτοί οι πρώτοι κάτοικοι ήταν Ελληνοπελασγοί.
Μετά τους Δρύοπες ήρθαν στο νησί οι Ίωνες και οι αρχηγοί τους Κέστορας και Κέλυφος ίδρυσαν ακμάζουσα αποικία. Οι ανασκαφές που συναντά ο επισκέπτης κατευθυνόμενος από την παραλία της Επισκοπής προς τη Χώρα, έφεραν στο φως πλούσια ευρήματα από την αρχαία πρωτεύουσα του νησιού. Σύμφωνα με τις πηγές η πρωτεύουσα ονομαζόταν Κύθνος και κατοικήθηκε συνεχώς από τον 10ο έως και τον 7ο αιώνα π.Χ.
Ο Αριστοτέλης αναφέρεται στην Κύθνο στο έργο του «περί Κυθνίων πολιτεία», το οποίο δυστυχώς δεν σώζεται. Εκεί περιγράφει μια εύνομη πολιτεία τόσο καλά οργανωμένη που ο Αριστοτέλης την θεωρεί ιδανική.
Η Κύθνος ανέδειξε σημαντικές μορφές των γραμμάτων και των τεχνών κατά την περίοδο των αρχαίων χρόνων. Οι ζωγράφοι Τιμάνθης και Κυδίας και ο ιστοριογράφος Αγησίδιμος κατάγονταν από εδώ.
Κατά τους Περσικούς Πολέμους, οι Κύθνιοι έλαβαν μέρος στις ναυμαχίες της Σαλαμίνας και του Αρτεμισίου. Αργότερα κατά τον Πελοποννησιακό Πόλεμο βλέπουμε πάλι τους Κύθνιους να παρουσιάζονται ως σύμμαχοι και συμπολεμιστές των Αθηναίων, αφού ήταν υπήκοοί τους άλλωστε.
Κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους το νησί γνώρισε την κυριαρχία των Ρωμαίων οι οποίοι το χρησιμοποιούσαν ως τόπο εξορίας επιφανών Ρωμαίων πολιτών. Επί του αυτοκράτορα Διοκλητιανού το νησί έγινε κομμάτι της Αχαΐας. Αργότερα οι Βυζαντινοί το περιλαμβάνουν στο «Θέμα του Αιγαίου».
Το 1207 μ.Χ. ο Βενετός ευγενής Μάρκος Σανούδος επιβάλλει τη φραγκοκρατία στην Κύθνο. Κατά την περίοδο εκείνη κυβέρνησαν τρεις βενετικές οικογένειες . Το 1292 μ.Χ. ο ναύαρχος της Αραγωνίας λεηλατεί το νησί και το 1537 μ.Χ. καταλαμβάνεται για λίγο διάστημα από τους Ρώσους.
Δυστυχώς για μια μακρά περίοδο, από τους Ρωμαίους και μετά, το πολύπαθο νησί ταλαιπωρήθηκε πολύ και από τους πειρατές, που το είχαν και για ορμητήριο τους. Τραγικό γεγονός στην ιστορία του νησιού είναι η ολοκληρωτική λεηλασία και καταστροφή που υπέστη από τον Χαϊρεδίν Μπαρμπαρόσσα το1537. Ο Μπαρμπαρόσσα , περίφημος πειρατής, εκείνη την εποχή υποτάχθηκε στο σουλτάνο και ανέλαβε την ηγεσία του Τουρκοπειρατικού του στόλου. Με την μεγάλη αυτή ναυτική δύναμη όργωνε τις θάλασσες. Λεηλατούσε και κατέστρεφε ό,τι βρισκόταν στον δρόμο του σπέρνοντας το θάνατο και την καταστροφή. Ένα από τα πολλά θύματά του υπήρξε και η Κύθνος. Οι Φράγκοι κατακτητές του νησιού, αναζητώντας ασφάλεια εγκατέλειψαν την πρωτεύουσά τους που ήταν στο κάστρο της Ωριάς και εγκαταστάθηκαν στη Μεσσαριά όπου υπήρχε ήδη ένας μικρός οικισμός.
Το 1617 μ.Χ, οι Τούρκοι θέτουν το νησί υπό την κυριαρχία του Σουλτάνου και εκδιώκουν του Βενετούς. Ο τελευταίος βενετός κυβερνήτης υπήρξε ο Άγγελος Γοζαδίνος. Οι Τούρκοι επιβάλλουν φόρους υποτέλειας στους κατοίκους αλλά τους παραχωρούν θρησκευτική ελευθερία Το νησί κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας και ιδιαίτερα προ της επαναστάσεως παρουσιάζει μεγάλη πνευματική άνθηση. Αιτία είναι η λειτουργία ανώτερου σχολείου στο μοναστήρι της Παναγιάς της Νίκους κοντά στη Χώρα. Διδάσκαλοί του υπήρξαν οι ιερομόναχοι Μακάριος Φιλιππαίος, ο Τζιώτης Γεώργιος Σερούιος κ.α.
Το 1821 η Κύθνος ήταν από τα πρώτα νησιά που ύψωσαν τη σημαία της επανάστασης και αγωνίστηκαν εναντίον των Τούρκων για την ελευθερία τους.
Το 1823 χτυπήθηκε από επιδημία πανώλης που αφάνισε δυστυχώς το ένα τέταρτο του πληθυσμού.
Τον καιρό που βασιλιάς της Ελλάδος ήταν ο Όθωνας από την Βαυαρία λαμβάνουν χώρα στην Κύθνο τα γνωστά ως «Κυθνιακά» γεγονότα.
Συγκεκριμένα το 1861-62 παρακολουθούμε να επικρατεί στη χώρα μια έντονη δυσαρέσκεια για τις επιλογές και τις πρακτικές του βασιλέα. Κάποια από τα αιτήματα του λαού ήταν η τήρηση του Συντάγματος, η ελευθεροτυπία, και η προκήρυξη εκλογών. Δυστυχώς ο Όθωνας ήταν ανένδοτος. Έτσι ξεσπούν ταραχές σε πολλά μέρη του νεοσύστατου κράτους και ο στρατός επεμβαίνει και καταπνίγει την επανάσταση. Οι επαναστάτες συλλαμβάνονται και εξορίζονται στην Κύθνο.
Στις 28 Φεβρουαρίου 1862 ο γενναίος υπολοχαγός Νικόλαος Λεωτσάκος από την Μάνη, αναλαμβάνει δράση. Σημειώνουμε ότι ο Λεωτσάκος είχε διακριθεί στον απελευθερωτικό αγώνα του Έθνους και κατά την περίοδο εκείνη ήταν φρούραρχος στη Σύρο. Μαζί με τον ανθυπολοχαγό του μηχανικού Περικλή Μωραϊτίνη, γιό του μετέπειτα πρωθυπουργού Αριστείδη Μωραϊτίνη, και 30 στρατιώτες κηρύττει στην πλατεία της Ερμούπολης επανάσταση κατά του Όθωνα. Καταλαμβάνει το ατμόπλοιο «Καρτερία» το εξοπλίζει και ξεκινά για την Κύθνο. Στο πλοίο επέβαιναν 50 άνδρες. Η Αθήνα αντιδρά στέλνοντας τον ατμοδρόμωνα «Αμαλία». Το κυβερνητικό πανίσχυρο πλοίο καταδίωξε την «Καρτερία» μέχρι το λιμάνι της Αγίας Ειρήνης όπου αποβιβάστηκαν οι επαναστάτες την 1η Μαρτίου 1862. Ο Λεωτσάκος απελευθέρωσε τους φυλακισμένους και όλοι μαζί ενώθηκαν εναντίον των κυβερνητικών δυνάμεων. Δυστυχώς δεν υπήρξε οργάνωση και συνεννόηση μεταξύ των επαναστατών με αποτέλεσμα αυτοί να διασκορπιστούν στο νησί αφήνοντας μόνο το Λεωτσάκο με λίγους οπλίτες. Αυτός κατέλαβε ένα ύψωμα κοντά στα Λουτρά. Εκ των υστέρων αποδείχτηκε ότι η λανθασμένη θέση που επέλεξε και οι ελάχιστες δυνάμεις που διέθετε οδήγησαν στην ήττα και στον θάνατο. Νεκροί έπεσαν ο Νικόλαος Λεωτσάκος, ο Περικλής Μωραιτίνης, ο φοιτητής Αγαμέμνων Σκαρβέλης, δύο στρατιώτες των επαναστατών και τρεις πολίτες. Ο λοχαγός Τσίρος, ένας αξιωματικός σκληροτράχηλος, διέπραξε μεγάλη ύβρη αφήνοντας άταφα τα σώματα των επαναστατών, τα οποία κακοποιήθηκαν και ληστεύτηκαν από τους στρατιώτες του.
Η επανάσταση κατεστάλη και η τάξη αποκαταστάθηκε, αλλά μόνο προσωρινά. Τα «Κυθνιακά» είχαν πανελλήνια απήχηση στην κοινή γνώμη. Οι νεκροί τιμήθηκαν σιωπηρά με ποιήματα, μυστικές δημοσιεύσεις και λαϊκά επαναστατικά τραγούδια. Όταν αργότερα ο Όθωνας εκδιώχτηκε από τη χώρα, έγινε μνημόσυνο στην Αθήνα στην μνήμη των πεσόντων της Κύθνου. Μία μαρμάρινη πλάκα τοποθετήθηκε στον όρμο της Αγίας Ειρήνης όπου έπεσαν οι αγωνιστές. Εκεί αναγράφονται τα ονόματα τους και η ημερομηνία του γεγονότος. Είναι σίγουρο ότι ο αντίκτυπός που είχαν τα «Κυθνιακά» ενίσχυσαν το αντιδυναστικό ρεύμα και οδήγησαν στην έξωση του Όθωνα.
Ολοκληρώνοντας την ιστορική αναδρομή μας στην Κύθνο αναφέρουμε έναν ακόμα σταθμό, την γερμανική κατοχή, κατά την οποία το πολύπαθο αυτό νησί δεινοπάθησε για μια ακόμα φορά.
Αξίζει να γίνει αναφορά στην έντονη μεταλλευτική δραστηριότητα που παρουσιάζει το νησί μετά το 1870 και μέχρι το 1940. Μετά το 1940 ο πόλεμος και η κατοχή οδήγησε τα μεταλλεία σε μαρασμό και εγκατάλειψη και ανάγκασε τους κατοίκους να στραφούν στη γεωργία, την κτηνοτροφία και την αλιεία.